公司设有有七个职能部门：综合事务部、财务部、战略发展部、造价合约部、党群工作部、规划设计部、工程管理部。三个分公司：大沽河分公司、北部分公司、黄岛分公司。六个子公司：全资子公司青岛市水利工程建设开发总公司、青岛市水利工程质量检测中心、青岛水投高新技术有限公司、青岛水投黄水东调投资运营有限公司，控股子公司青岛市董家口经济区供水公司、青岛水宇农林科技开发有限公司。